El tiempo de los vicarios en la Congregación duró 27 años. En cierto modo se debe a las consecuencias de la Revolución Francesa, aunque, por otra parte, viene dado por parte del temor de los franceses a perder el poder de la Compañía y de la insistencia italiana por mostrar que la Congregación está más fuerte fuera de las fronteras galas.
Se trata de un momento difícil donde no hubo unidad en el seno de la Congregación. La Revolución Francesa se convirtió, finalmente, en una persecución anticlerical: expulsión, suspensión y usurpación de todo aquello que oliese a Iglesia. Y los lazaristas no fueron la excepción.
En el día 13 de julio de 1789 la Casa Madre es asaltada y los misioneros fueron obligados a huir. Fue el comienzo de la revolución y al mismo tiempo de la dispersión de los misioneros franceses. La mentalidad francesa pensaba que la congregación se reducía a Francia, considerando a las demás provincias como anexiones. Sin embargo, esta era una visión de los misioneros franceses, ya que no pensaban lo mismo ni los italianos, ni los polacos, ni los miembros de las jóvenes fundaciones de la península Ibérica (España y Portugal), que decían que la Congregación de la Misión es más que Francia y que también ellos eran hijos legítimos de san Vicente.
A partir de esta concepción, y tras muchos conflictos, se piensa que el gobierno de la Pequeña Compañía no debe depender de Francia. Por tanto, el tiempo de los vicarios se podría resumir en un litigio francoitaliano.
Después de todos estos problemas de gobierno, la Congregación vuelve a tener una cabeza visible en 1827.
