Nombrado vicario de Ntra. Sra. de Versailles pasó en 1784 a la parroquia de san Luis, donde le sorprendió la Revolución. Nombrado párroco constitucional que no consiguió que ninguno de los misioneros que regían aquella parroquia, prestasen el juramento civil, dando un hermoso ejemplo de fidelidad a la Iglesia romana y por ello fueron expulsados de la parroquia.
El Beato Juan Enrique Gruyer, volvió a su región natal, permaneciendo allí escondido durante un año. Añorando su Congregación y con el deseo de vivir la vida de comunidad, volvió a Paris. El permiso para llegar a Paris estaba fechado en 18 de junio de 1792. Tal documento lo describe “alto de talla, cabello blanco, de frente mediana, ojos azules, nariz prolongada, barba pequeña y rostro redondeado”.
El seminario de san Fermín le abrió sus puertas y el superior, Beato Luís José Francois, le acogió fraternalmente.
Su muerte el 3 de septiembre de 1792 se une a la del Beato Luís José, con el cual compartió sufrimientos y martirio.